本片是迪士尼经典动画电影《小美人鱼》的第三部系列作品。故事回到爱丽儿还在大海中生活的情景，所以爱丽儿依然是人鱼姿态于故事中出现。本片中也会首度揭露爱丽儿的母亲雅典娜皇后。自从雅典娜皇后在一次意外中丧生后，川顿国王就下令：亚特兰提卡王国不准有音乐的存在！但是年轻又热爱音乐的爱丽儿却对此令相当的反感，也决定不顾父亲的感受，就是要与音乐为伍！此举将会为她带来灾难？还是她可以因此找回父亲昔日对她们的关爱呢？
百年前，一位老师发现圣宝宝的秘密，创建了守护一族，保护自己的学校。肩负使命的白头蛙、金雕和蚂蚁，守护着学生和圣宝宝的秘密。百年后，为了得到守护一族的宝藏，海盗偷走圣宝宝，面对灾难，乐乐熊他们开始了冒险……
猪迪克带着自己的精灵宠物豆包在海上冒险，因为一场海难，猪迪克与豆包走散。为了寻回豆包，猪迪克不得不独自面对困难。他漂泊在海上意外遇到了出海寻找海魂心的女孩--浅蓝族长，之后他们一起经历了遗忘岛上的奇幻冒险、寻回了走失的浅蓝弟弟--尾牙，猪迪克最终也找到了精灵伙伴豆包，获得成长。
那是一个邪恶势力纵横的年代，少年觉如由于部落首领的陷害，被迫和母亲一起离开家乡漂泊至黄河下游，在新部落里觉如和大家一起抵抗魔族入侵，并认识了莲师习得了降妖伏魔之术。觉如慢慢长大，母亲却日益衰老，为救母亲觉如决定出门找寻求神药，在寻药途中遇到了自己的青梅竹马珠牧，在觉如的帮助下，珠牧死里逃生，而觉如也得知了家乡正在遭遇灭顶之灾。寻药之路困难重重，觉如和珠牧是否能寻得神药？回家乡的觉如又会遭遇怎样的危险？少年觉如的英雄之路正式开启……
蚂蚁战队为守护家园，与雷、仇两路人马展开圣兽力量的争夺，最后决战于炽火塔内。在圣兽感召下，蚂蚁战队逆转局势，并将敌人击退！所有人也得到圣兽力量的洗礼，心灵和实力都得到了重生，并携手向更高目标迈进。
