一个神秘爬行动物的到来，把温馨的动物城搅动得天翻地覆。面对全新的城市危机，警官兔朱迪（金妮弗·古德温 Ginnifer Goodwin 配音）与狐尼克（杰森·贝特曼 Jason Bateman 配音）将继续携手为保卫动物城而奔波。在追捕行动中，这对老搭档不仅要揭开新角色的神秘面纱，还要前往被迷雾笼罩的新领域，探索未知的地下黑市，一场疯狂动物城的全新冒险即将展开……
此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。
2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
在某个临海小镇，隶属魔导士公会下设分支机构“妖精的尾巴（Fairy Tail）”的纳兹·多拉格尼尔（柿原彻也 配音）、露西·哈特菲利亚（平野绫 配音）、格雷·佛尔帕斯塔（中村悠一 配音）等人接受委托，前来捉拿某盗贼团头领基斯。经过一番激战，虽然纳兹等人消灭盗贼团的大多数成员，可是基斯还是在露西面前溜走。心灰意冷的众人回到总部，露西则意外在途中救助了神秘少女艾克蕾娅（远藤绫 配音）。失去记忆的艾克蕾娅手持半块凤凰石，她隐约记得要前往一座森林。纳兹他们决定出手相助，谁知在旅途中不断有敌人向他们袭来，而他们的目标便是那半块引来无数纷争的凤凰石……
假期小男生阳帆和小狗嘟嘟在家人的带领下到“动物嘉年华”乐园游玩，无意中遇到了马戏团走失的企鹅米奇和猫咪乐彩。决心“见义勇为”帮助他们找到马戏团，阳帆留下一封给家人的信，偷偷带着嘟嘟、米奇和乐彩出发了，开始了一段带点冒险味道的旅程。他们的“出行计划”一次次受到挫折，出租车“拒载”；飞机场险些被“抓”；在原野上遭到了蝈蝈家族的围攻；阳帆在逃脱中，又把自己随身带的背包弄丢了，饥饿和劳累使阳帆晕倒。最后在大人们的帮助下，米奇和乐彩终于找到了马戏团。嘟嘟也在马戏团做动物演员，而阳帆满心伤感。
当努萨遇到一位新朋友时，他的生活发生了改变，这位新朋友比他更受朋友们的喜欢。
十年前，风暴的父亲在战斗中被入侵地球的狂岚博士抓走，风暴的家乡蓝虎村也一同消失。如今，风暴已经成为了宇宙护卫队的队长，并偶然得知父亲风雷和狂岚博士可能被困在异时空--某颗位于平行宇宙的星球。于是风暴和伙伴们通过制造时空缝隙来到异时空，并找到了消失的蓝虎族。原来狂岚博士十年前造成的能量波动意外把自己和蓝虎村传送到 了异时空。狂龙博士囚禁了很多蓝虎村民用于做实验，其中包括风暴的父亲风雷。风暴救出了已被折磨到失忆的父亲，没想到在打开时空裂缝返回地球时，狂岚博士也得以一同返回地球，并率领自己的火恐龙兽军团再次试图占领地球。危难之时，风暴唤醒了失忆的风雷，父子合力带领护卫队其他成员战胜了狂岚博士和火恐龙兽军团，保护了地球安全。
