广袤无际的非洲大草原上，饱受干旱所侵扰的动物们耐心却又焦灼地等待着洪水的到来。今年的汛期似乎姗姗来迟，动物们心中满是不安。他们无论如何也不会想到，不远处的峡谷间耸起一座大坝，人类用它拦截了本该滋润草原...
公元2110年，能源即将耗尽的地球满目疮痍，全人类面临灭顶之灾。千钧一发之际，一群勇敢的赛尔智能机器人登上赛尔号飞船，临危受命前往浩瀚宇宙寻找无尽能源。转眼过了数年，星际探险员赛小息、天才机械师卡璐璐和宇宙战士阿铁打奉命维修飞船，却被遥远星系突如其来的神秘爆炸震散，流落四方生死未卜……赛尔先锋精英小队星际探险的航程难道就要在此终止了吗……与此同时，人工智能中的邪恶力量也在觉醒，他们策划了一场恐怖绝伦的入侵阴谋，矛头直指那颗美丽的蓝色星球——人类的最后家园！危机四伏之际，最神秘的异星历险猝然开启，最疯狂的拯救行动也随之展开！为了生存，星际探险员们将作出怎样的艰难抉择？恩怨交织，流落荒芜星球的英雄们命运谁主沉浮？更有神秘红色精灵，光之星米瑞斯的归宿究竟在哪里？浩渺星系，机械迷城，深层宇宙空间里那些高度发达的人工智能，又隐藏了多少不为人知的秘密呢？
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电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。 少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河...... 鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。 因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。 在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......
