小镇盗窃案频频发生，一只梦想成为大侦探的猫咪为了找出真凶决定离家出走。旅途中的她遇到了一只自认风度翩翩的公鸡，一只梦想成为马戏团明星的驴，一只仇恨人类的守门狗。四只小动物历经磨合，即将找出真凶时，却被误认为是偷窃真凶。他们该如何证明清白，如何守护友谊和梦想……
战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。 但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。
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柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。
福蘭克林的阿姨-露西在這個夏天突然回到家鄉，露西阿姨是個探險家，最擅長尋找消失已久的寶物。某天，到露西阿姨家玩的福蘭克林得到一張奶奶小時候畫的藏寶圖，但露西阿姨卻說她怎麼找都找不到奶奶埋的寶藏，這讓...
