影片基于2016年电子角色扮演游戏《最终幻想XV》的世界观，构成新的水晶故事子系列的一部分。本片由野末武志执导，他曾是最终幻想CGI电影《最终幻想VII 降临之子》（2005）的联合导演。《最终幻想XV》总监田畑端担任电影监制，长谷川隆任编剧，约翰·R·格雷厄姆负责作曲。
年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由 配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜 配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。
二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？
提姆是一个生活在孤儿院的孩子，他孤僻又有些胆小，熟悉夜空中的星星，每晚要看着天上的星光后才能安然睡去，但是这天，提姆发现那颗属于他的星星消失不见了！无法入睡的提姆在屋顶焦灼的走动，不慎坠落，危机关头，...
《宇宙战舰大和号2》的故事开始于加米朗星球，与大和号分别的德斯勒在踏上寻找新边界的旅程之前，在此停留。黑暗星云帝国正在开采加米拉西姆。德斯勒对此感到愤怒，于是发起了攻击，战斗的结果是加米伦星球被摧毁。随着加米伦星球的消失，作为双星系统一部分的伊斯坎达尔开始失控。与此同时，在地球上，大和号上新船员正在接受训练。大和通过向德斯勒求助的通讯得知了伊斯坎达尔的危机后，受地球防卫军首领的命令前往伊斯坎达尔营救斯塔莎和古代森。
