影片改编自同名漫画，原著漫画讲述一个神秘的跟踪者名叫“缄默”，他似乎打算从远处暗杀蝙蝠侠。故事中有许多客串角色，其中包含了大量的蝙蝠侠反派，还有多位蝙蝠家族的成员以及和蝙蝠侠的老战友，超人。它还探索了蝙蝠侠和猫女之间的暧昧情愫。
故事讲述了茫茫大海中的一个黑暗丛林里，年轻的男孩马可正在逃离可怕的巫师和他的猿猴军队。逃跑途中，马可偷到一颗能够在满月时分实现愿望的魔法钻石。但不久之后，名声狼藉的剑齿虎船长听说了这颗神奇的钻石，决定率领海盗团将这颗钻石夺走……
海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家。小纵队集结了皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）等7名伙伴，在核心成员巴克队长（北极熊）的带领下向着未知的海域不断探索前进。在本次电影的探险中，一座火山突然喷发，突然唤醒了太平洋海底的几百座火山组成的 “火焰之环”，这一突发性事件迅速演变成了一场全球范围的大灾难。即将集体爆发的火山群时刻威胁着被海啸冲上岸的角岛鲸、生活在火山群岛的帽带企鹅、小纵队维修站的设备、海洋农庄里植物鱼种下的粮食……更不用说那些常年居住在火山口的动植物们！海底小纵队的成员们必须在太平洋海域分头行动，分秒必争，全力救助那些生活在火山周围的奇异海洋生物们。
在万恶的魔界，恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音）与旧相识阿摩（玄田哲章 配音）聊天。对方拥有一颗传说中可带来不幸的玛丽•安托瓦内特的宝石，言语间透着骄傲和自豪，进而嘲笑被恶魔侦探芥边（浪川大辅 配音）百般嘲笑和支使的阿萨谢尔。就在此时，郁闷的阿萨谢尔被召唤到人间，召唤者正是芥边的助手佐隈玲子（佐藤利奈 配音）。为了熟悉召唤恶魔的技巧，她一次次练习，谁知这次出错竟然召唤来高傲邪恶的阿摩。虽然模样大变，但是阿摩不改狂野本性，对玲子展开百般欺凌…
在茂密宁静的仓鸮森林，猫头鹰诺克图斯和妻儿们生活在一棵参天大树的枝干上。她的儿子索伦（吉姆·斯特吉斯 Jim Sturgess 配音）无比迷恋“守护者”的传说。据说很久以前，佩戴着钢喙的邪恶“纯种者”（草鸮）国王压迫猫头鹰子民，关键时刻守护者挺身而出，打败了国王及其爪牙，但失败者从未放弃复仇的念头。憧憬古老传说的索伦令哥哥库鲁德（瑞恩·科万腾 Ryan Kwanten 配音）颇为气恼，以致于被哥哥从树上推下。两只还没学会自由飞翔的小家伙跌落到危机四伏的地面，他们躲避各种猛兽的袭击，却无法避免成为邪恶猎手捕获的目标。兄弟俩连同其他种类的猫头鹰被抓到神秘的圣鸮学校，他们在这里接受严格的训练，学到不同的技能，而猫头鹰王国沉寂已久的战火即将再次点燃……
米奇和布鲁托去海滩旅行，正如剧情所料，小狗遇到了一些无法向米奇解释的意外。这次，是一只脾气暴躁的蛤蜊。然后米奇去钓鱼，但海鸥把鱼饵都吃光了，这毁了这对搭档的假期。
故事发生在1916年的俄国，沙皇的灭亡让尚且还是婴孩的公主娜塔西娅（梅格·瑞恩 Meg Ryan 配音）和祖母朵瓦格（安吉拉·兰斯伯瑞 Angela Lansbury 配音）流离失所，在兵荒马乱之中，两人失散了。一晃眼十年过去，曾经的公主已经出落成为了名为安雅的美丽女孩，而一直惦念孙女的朵瓦格则开始花重金寻找公主的下落。
