当 Gumdrop 和 Vroomer，Plane Scout 机组的最新成员，被指挥官 Gumdrop 派去执行任务时，他们开始了他们一生中最伟大的冒险。 当他们在云端高飞时，他们遇到了一个天才机器人，帮助他们学习所有关于惊人飞机的知识！
如此阳光明媚的一天，海鸥自由飞翔的海边上，草帽海贼团的船舰静止在水面上没有动静。蒙其·D·路飞（高乃丽 配音）、罗罗亚·索隆（高木涉 配音）和娜美（丰口惠 配音）全部瘫软在甲板上，原来他们已经很久没有吃饭，饿得全身没有力气。正在这时，一头巨龙突然冲出水面，袭击了草帽海贼团的船只。混乱之中，路飞溺水，娜美则被巨龙掳走。不知过了多久，溺水昏迷的路飞漂到一处海边，打败了海贼强萨克的手下，解救了穷人家的孩子梅达卡。与索隆重新碰面的路飞，从梅达卡爷爷那里听说了哥萨克的传说。一场意外冒险即将展开……
钟馗，传说中的唐朝状元，才华出众，武艺超群，但因相貌丑陋被皇帝免去状元头衔，钟馗羞愤难当撞死于大殿之中。因其人刚烈正直，被玉皇大帝封为伏魔帝君。由于在阴间举报阎王贪赃枉法，被阎王怀恨在心，一心想除掉钟馗，于是篡改钟馗的好友柳凯的生死簿来逼迫钟馗就范。钟馗、柳凯、欧阳一清三友互相协作和阎王展开一场阴间和阳间的正义之战。
这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音）和齐达（克里·萨莫 Cree Summer 配音）留在亚特兰提斯之后，当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时，两人和前来探险的小组展开了调查，却发现攻击者并非机械龙虾，而是其他神秘的力量。在渡过这次危机后，齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程，希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择，是将魔幻水晶运用起来，还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇了各种挑战和危险，他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争，同时也要权衡利益和可能带来的后果，这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。
照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
