2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
影片讲述了小橘子吉星为了捍卫水果村，成长为水果英雄的故事。吉星所住的地方是隐藏在茂盛森林中的一个神秘村落，村落名叫水果村，那里的村民都不被外界打扰，幸福快乐地生活着。这天的课上，桃老师讲述了30年前，恶虫从森林里出来，袭击水果村的事。放学后，想当水果英雄的吉星对“恶虫”的存在十分兴奋，集齐了朋友们，一起走到了森林之中。在森林中，吉星发现恶虫再度出现了，并在同伴的帮助下击倒了恶虫。从此，恶虫重现，水果与恶虫的攻防战开始了！回到水果村，吉星一行人告诉大家，恶虫重现了！为抵抗恶虫，水果们开始筑围墙。而恶虫那边，巨巫虫派出了变色虫前来刺探敌情，结果变色虫被吉星、美蕉和榴星轻易打败。变色虫回到恶虫基地报告围墙状况，虫博士开始研制破坏围墙的工具。隔天，恶虫全体用虫博士的道具越过围墙，来进攻水果村，而与此同时，一头神秘的大怪兽也出现在水果村，水果村腹背受敌，吉星到底如何才能化解危机拯救水果村呢？
舞台是19世纪末。阿尔比恩王国由于共和革命而分裂。被巨大的墙壁分断的首都伦敦，东侧由王国、西侧由共和国统治，成为各国间谍活跃的暗影战争最前线。
萝卜为了卖军火，挑起鸡蛋和苹果之间的战争。大家都是生意人，只是为了干点买卖，不想却打破了这个星系的平衡……猪，无辜的被拉下神坛……
话说在东土傲来国有一座花果山，山上有一尊石猴吸收日精月华化身为一只神猴（邱岳峰 音），统领着山中的猴子猴孙。为求得一件称心的宝贝，神猴孙大圣潜入龙宫，强硬求来大禹治水时的定海神针如意金箍棒。东海龙王（毕克 音）心有不甘，于是上天将此事诉诸玉帝（富润生 音）。玉皇大帝命令太白金星（尚华 音）下界招安，许以爵位。不知有诈的孙大圣欣然前往，却发现只是负责养马的弼马温。得知受骗的猴王反下天庭，与天兵天将在花果山展开大战……
改编自中泽敬二名作《赤脚将军》的第二部剧场版动画
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
