高中生顾云云穿越醒来发现自己变成了一个叫伊蒂丝的一岁女皇，坐拥庞大的帝国外，还是一个被神明祝福的孩子。可这幼年皇帝不好当，国家表面繁荣实则已经摇摇欲坠，自己的小命也被一个神秘教会惦记。布满荆棘的女皇之路上，一个叫克洛洛的孩子来到她的身边，而他的灵魂似乎也不简单
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哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
