故事发生在被天空之壁分为三区块的假面骑士Build的世界，这里竟然出现了假面骑士Ex-Aid世界的敌人崩源体。面对神秘敌人而毫无应对方法的桐生战兔，他一筹莫展之时一个身体半边被金属覆盖的神秘男人在他眼前登场。 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群假面骑士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开……
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
经过重重磨难，健四郎和尤莉亚终于迎来相聚的一刻，但是他们的时间所剩无几，在尤莉亚的请求下，健四郎开始讲述这些年来的故事：作为最强杀人拳——北斗之拳的唯一继承人，健四郎和爱人尤莉亚正准备展开新的生活。然而适值乱世，愚蠢的统治者亲手毁灭了原本的文明，活下来的人为了生存而选择暴力，杀戮成为当下的唯一准则。健四郎和尤莉亚遭遇南斗水鸟拳的阿殉，为了得到心爱的女人，阿殉不择手段，更在健四郎的胸口留下七个伤疤。痛失爱人，健四郎迎来生命的第一重磨难……
小男孩萨瓦居住的村庄曾受到神秘白狼的保护，但由于攻击人类，白狼一族受到了魔法师的诅咒，村庄也被一群无情的土狼鬣狗侵占，设法逃脱的萨瓦开始了拯救村庄的旅程……
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加入芭比“马里布”罗伯茨，她将介绍新的梦想豪宅。之后，芭比“布鲁克林”罗伯茨、特雷莎和蕾妮出现参加睡衣派对，以便策划切尔西完美的梦想日。
蟹堡王毗邻本店的二号店即将开张了！海绵宝宝满心期待，以为分店经理一职非自己莫属，然而蟹老板却以他不够成熟为理由，将分店交给章鱼哥打理。同时看着蟹堡王做大的痞老板再出毒计，他偷走了海王星国王的王冠，并嫁祸蟹老板，盛怒的海王星要处死蟹老板，但为了拿回王冠，给忠诚的海绵宝宝和派大星六天时间，让他们去无人能够生还的贝壳城取回王冠。而痞老板得逞后偷走了蟹老板的蟹黄堡配方，生意迅速大热，他趁机把能够操纵思想的头盔赠送给顾客们，要通过控制海洋生物称霸世界。另一面，海绵宝宝和派大星踏上了无厘头又凶险万分的寻冠之路，前往传说中独眼巨人栖息的贝壳城……
原始人咕噜一家六口在老爸Grug（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）的庇护下生活。每天抢夺鸵鸟蛋为食，躲避野兽的追击，每晚听老爸叙述同一个故事，在山洞里过着一成不变的生活。大女儿Eep（艾玛·斯通 Emma Stone 配音）是一个和老爸性格截然相反的充满好奇心的女孩，她不满足一辈子留在这个小山洞里，一心想要追逐山洞外面的新奇世界。没想到世界末日突然降临，山洞被毁，一家人被迫离开家园，展开一场全新的旅程。离开了居住了“一辈子”的山洞，展现在他们眼前的是一个崭新绚丽却又充满危险的新世界，到处都是食人的花草和叫不出名字的奇异鸟兽，一家人遇到了全所未有的危机。在旅途中，他们还遇到了游牧部落族人Guy（瑞恩·雷诺兹 Ryan Reynolds 配音），他有着超凡的创造力和革新思想，帮助咕噜一家躲过了重重困难，途中他还发明了很多“高科技”产品
