延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。
14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。
劳伦，一个充满想象力又非常擅长讲故事的爸爸。他用天马行空的想象力，编织了一段段妙趣横生的故事，孩子们都被这些神奇的故事所深深吸引。这天，吵着要吃煎饼的孩子们，正围坐桌前，听他们的爸爸劳伦讲故事。劳伦马上要讲的就是一个关于煎饼的故事。他化身传奇的侠客佐罗，为孩子们勇夺煎饼，孩子们欣喜若狂，嚷着还要继续听。当然，我们的“讲故事爸爸”每时每刻都有别出心裁的新故事讲给孩子们听。
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
故事发生在英勇的骑士、美丽的公主和与巫师战斗的时代。流浪艺术家鲁斯兰梦想成为一名骑士，偶遇了美丽的公主米拉并坠入爱河，他们在城堡外度过了美妙的时光。然而，幸福并没有持续太久，邪恶的魔法师切诺莫为了达成阴谋，在鲁斯兰的眼前用魔法漩涡劫走了米拉。慌乱之后，鲁斯兰开始试图穿越魔法森林寻找公主，经过一系列奇妙生物的“助攻”后克服了重重障碍，最终战胜了邪恶魔法，与公主幸福的生活在一起。
舒克贝塔驾驶着全新装备五角飞碟向宇宙出发冒险，但是当他们回到地球时突发意外，穿越到十年后的魔方市。老鼠们的航空公司已经被捣毁，有一伙自称“极盗团”的老鼠们，正在霸占机场做尽坏事！为了重建自己的家园，舒克贝塔加入极盗团展开了一场卧底行动！这一次坚强勇敢的舒克贝塔该如何应对？
为了守护“希望之园”和其力量来源“钻石链”，光之美少女、夏妮露米纳斯与希望之园的七位战士共同对抗邪恶的魔女。
