万圣节那天，米奇讲述了两个女巫学徒米妮和黛西的故事，她们必须通过四项考验才能从快乐鬼屋山的 With 学院毕业。
一群王国之间摇摇欲坠的休战是通过禁止炼金术士来维持的。 然而，来自这些土地的一群炼金术士联合起来，实现了和平合作。
万圣镇的各位鬼怪，已经习惯于在每年万圣节那天出没搞作一下，他们是彻头彻尾的少根筋的生物，只晓得如何吓人。而南瓜王子杰克，是非常与众不同的一个。他已经厌倦了带给人们惊恐的玩意，一心想做出某些改变。偶然一次打开了圣诞镇的大门，让他眼前豁然一亮，杰克心中燃起了要带领兄弟制造圣诞欢乐的决心。
这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音）和齐达（克里·萨莫 Cree Summer 配音）留在亚特兰提斯之后，当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时，两人和前来探险的小组展开了调查，却发现攻击者并非机械龙虾，而是其他神秘的力量。在渡过这次危机后，齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程，希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择，是将魔幻水晶运用起来，还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇了各种挑战和危险，他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争，同时也要权衡利益和可能带来的后果，这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。
电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。 少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河...... 鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。 因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。 在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......
