当小马谷的春季游行临近的时候，韦斯特里尔为欢庆花季到来而精心设计的计划受到了威胁，这种威胁来自一只沉睡千年的龙的被唤醒以及即将到来的新公主的加冕。就在公主的花园里百花盛开，她的朋友们正忙于即将到来的春季的游行的时候，这一切惊醒了一只被钉住沉睡了千年的龙，韦斯特里尔被毁了。
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。
大家最爱的少年侦探们将开启一段难忘的新英格兰探险之旅。他们将要侦察一家历史悠久的殖民旅馆的幽灵事件，而这旅馆其实是一家无与伦比的美食度假村。
