蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。
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战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。 但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。
在很久以前，某座山中蛇精和蝎子精为害人间，它们的恶行引起天神震怒。天神用雷电化成的葫芦把两个妖精收了进去。葫芦化作葫芦山镇守两只妖精，只要满一万年，它们就会被葫芦化去。然而天运使然，就在九千九百九十九年之际，一只穿山甲无意钻破葫芦山，放出两只妖精。穿山甲带着老爷爷找到葫芦种子，只要种出七颗葫芦，便可将妖精重新收伏。 重新获得自由的蛇精和蝎子精无所顾忌，大肆残害生命。它们偶然得知老爷爷种出神葫芦，于是接连派出爪牙企图斩草除根。接连遭遇挫折的妖精转而绑架老爷爷，各具异能葫芦七兄弟相继出世，他们打向葫芦山，与狡猾的妖精展开正邪大战…
一只古老的面具打破了神秘世界族民们的平静的生活，一场不可避免的战争即将爆发！为阻止这场战争，新族长啦啦请人类世界的好友王雨果回来帮忙，淘气的雨果却将爸爸王大山带入了神秘世界。面对周遭突如其来的变化和对未知的恐惧，爱女心切的王大山惊慌失措，糗态百出……鬼马精灵的女侠、包子脸怪兽啦啦、帅气呆萌的老爸、率直娇憨的熊大叔；个性迥异的卖萌组合，欢乐逗趣的神秘历险，悬念迭起的旅程即将起航！
公元2110年，能源即将耗尽的地球满目疮痍，全人类面临灭顶之灾。千钧一发之际，一群勇敢的赛尔智能机器人登上赛尔号飞船，临危受命前往浩瀚宇宙寻找无尽能源。转眼过了数年，星际探险员赛小息、天才机械师卡璐璐和宇宙战士阿铁打奉命维修飞船，却被遥远星系突如其来的神秘爆炸震散，流落四方生死未卜……赛尔先锋精英小队星际探险的航程难道就要在此终止了吗……与此同时，人工智能中的邪恶力量也在觉醒，他们策划了一场恐怖绝伦的入侵阴谋，矛头直指那颗美丽的蓝色星球——人类的最后家园！危机四伏之际，最神秘的异星历险猝然开启，最疯狂的拯救行动也随之展开！为了生存，星际探险员们将作出怎样的艰难抉择？恩怨交织，流落荒芜星球的英雄们命运谁主沉浮？更有神秘红色精灵，光之星米瑞斯的归宿究竟在哪里？浩渺星系，机械迷城，深层宇宙空间里那些高度发达的人工智能，又隐藏了多少不为人知的秘密呢？
延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。
以短篇集的形式，推出两篇人气故事“唤石”与“可疑访客”。讲述天生拥有能够看见妖怪能力的夏目，和强大妖怪“斑”组成跨越人与妖怪的组合，为夏目崭新的高中生涯带来众多不同的邂逅…
商周之战一千五百年后，天界衰落，蒙冤落魄的杨戬以赏银捕手为业谋生。一日，杨戬接受了一位神秘访客的赏银去追捕一位少年，意外发现少年竟是自己的亲外甥沉香。沉香立志要寻回宝莲灯，劈山救母，却将酿成大祸。杨戬踏上追寻沉香并揭开尘封往事的旅程……
