德光森太郎是个平凡的高中男生，因父母工作关系目前一个人住。一天他的住处阳台上竟躺了个可爱女孩飞羽，她自称是天使，奉神明之命来到人界学习人类相关之事！
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一个在宠物店工作的女孩，拥有与动物说话的能力。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
故事讲述了在22世纪，日本国已不复存在，取而代之的是被称为“第十七极东帝都管理区”的区域。人们生活在相互信赖、生活安逸的理想世界中，但一种奇怪的致死疾病“Degration”却开始在人间肆虐。而主人公风澄彻则被卷入了与另一个世界的纷争，不得不与另一个自己展开对决…
魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？
