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小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
担任儿童节目大哥哥的体操哥哥，但其实是个讨厌工作的社会人，扮演布偶的两名後辈、不知在想什麼的歌唱哥哥，及出道经历不顺的前偶像歌唱姊姊……这些人又会怎麼带领小朋友呢……
栗原雪（加隈亚衣 配音）是一名高中二年级的女生。个性温和而又安静的她甚至有些傻气，但深得朋友们的喜爱，对待生活和学习认真刻苦的她虽然常常会惹出小小的麻烦，但这反而增加了她的可爱度，显得是如此的楚楚动人。桃月心也（冈本信彦 配音）是比栗原雪小一岁的高中一年级男生，虽然个头比同龄人小巧，但心也展现出的却是超越了同龄人的包容和稳重。命运让这样的两个人相遇了，栗原雪一下子就喜欢上了心也，终于，她鼓起勇气告白了，同样心动的心也接受了栗原雪的心意，两人就此开始交往，充满了甜蜜和羞涩的恋爱喜剧就此正式上演。
鹤见少尉拜访了夕张镇的动物标本剥制师江户贝。他制定了一个新计划，要给纹身密码的战争带来混乱：他要制作只有他自己才能识别的假皮肤。
出身豪门的叶子秋，一直在烂泥里生活。她善良隐忍，为了替妹妹嫁给一个
告别了多灾多难的初中时代，升入高中的宇佐和成（井口佑一 配音）下定决心度过平稳安和的三年，并与一名清纯温柔的少女共享难得的青春时代。在学校图书馆，宇佐偶然邂逅专心读书的前辈河合律（花泽香菜 配音），不禁心思荡漾。恰逢此时，宇佐的父母调动工作，为了能够自由生活，他计划入由河合住子（小林沙苗 配音）担任管理员的河合庄，结果却遭遇了小学时代的变态同学城崎（四宫豪 配音）、男人缘超级差的锦野麻弓（佐藤利奈 配音）和调皮腹黑女渡辺彩花（金元寿子 配音）。原打算从怪人世界逃脱，当得知小律也在此居住时，他却身不由己地留了下来。充满未知的青春时代，笑与泪共存的故事就此上演……本片根据宫原琉璃的漫画改编。
