30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
一位名叫欧米的年轻小林僧人有着巨大的黄色头颅，他带领三名其他学生收集被称为“神功武”的强大物品，同时与同样觊觎这些文物的邪恶杰克·斯派塞展开战斗
故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。
在异世界安特·伊苏拉，魔王和勇者之间是敌人。而在现代日本东京，真奥贞夫和游佐惠美依然在汗流浃背的工作，他们与魔王城的各位，还有恋爱的女高中生千穗一起，熟悉日本的生活，在经济巨浪中度过每一天。
