阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮亚控制，带走了。阿卫因为失去本性，不再爱阿兔，令他们的爱情结晶豆钉兔也慢慢消失。本来要变成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿卫和豆钉兔心切，竟能独自变成Eternal Sailormoon，自己一个去纳美妮亚那里救人。其他战士也跟著追去，其间被纳美妮亚把她们分开，各个击破，封印在镜中。阿兔终於找到纳美妮亚和迷迷糊糊的阿卫，SuperSailorChibimoon就在阿兔的怀内消失。纳美妮亚诉说自己悲惨的过去，阿兔听了，只感到同情、可怜她，不再憎恨她，愿意让她报复，阿兔相信眾人都会愿意和纳美妮亚做朋友的。被封印的眾战士和阿卫都感动落泪，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重现世上。眾战士集合力量，阿兔变成Eternal Sailormoon，引导纳美妮亚找回她真正的梦想。
第二季承接第一季结尾剧情，男主角楚明在于琳琳婚礼上战胜江州最大的对手王家之后，在三个师姐和其他其他几大家族的帮助下终于达成了自己开宗立派的目标，实现了为七圣宗开枝散叶的第一步。为了给双目失明的五师姐兰馨儿祛除诅咒，楚明决定和众人一起找寻修行炼器一途的四师姐，取得宝鼎炼制解药。然而在目的地渝州，一个沉寂已久的邪修势力——巫死门正等待着他们，而巫死门正是害兰馨儿眼盲的罪魁祸首，目的是消灭所有七圣宗的传人，以报百年前的仇怨。
故事发生在名为浦之星的私立女子学院之中，一群充满了正能量的可爱少女们在此学习生活。其中，有九位闪耀着耀眼光环的少女们，她们共同为了成为校园偶像而努力的挥洒着汗水，在这条充满了挫折和荆棘的道路上，她们凭借着勇气和实力，究竟能够走多远呢？
在极端少子化的近未来，有一间以保护为数不多的孩童为名，强迫所有学生住校的学园。某一天，校内发生了一位名叫小野的女学生莫名失踪，校方却草率断定女学生已死的事件。小野的好朋友．冬村四织对此感到疑惑，便决定自行展开调查。但她做的第一件事却是找同班同学．三田一重的麻烦。只因她知道三田一重其实就是传说中的圣诞老人！
