灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。
故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。
故事中的妖怪，大部份出自鸟山石燕的《图百鬼夜行》和竹原春泉的《小人儿书一百故事》的妖怪画集。奴良陆生表面是一个13岁的普通初一学生，但实际却是妖怪“滑头鬼”的孙子，拥有四分之一的妖怪血统，白天是一个普通少年，到了晚上则成了一个妖怪。 儿时的他非常崇拜爷爷，并且非常喜欢爷爷手下的“奴良组”。因为父亲奴良鲤伴很早就已经去世，本应该继承“奴良组”三代目的陆生却因为不愿自己成为同学惧怕和讨厌的妖怪要拒绝继承。直到有一天，一心想成为滑头鬼妖怪元兴寺为了打击报复奴良家袭击了陆生和同学一同乘坐的校车。求人心切的陆生本能地召唤出妖怪的血统，救出了同学。最终他到底会选择成为妖怪吗？
