故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。星野航（中村悠一 配音）是在岛上学习生活的高中二年级男生，某日，他所在的学校里转来了一位名叫泽城凛奈（河合春华 配音）的女生。对于这个人员不断流失的小岛来说，新鲜血液的加入是一件多么新奇的事情啊！泽城凛奈究竟为什么会从热闹的大城市转学来到这座萧条的学校里呢？没过多久，泽城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、浅仓奈绪子（筱崎双叶 配音）、六条宫穂（草柳顺子 配音）等好友。
邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。 混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。
樱木雏子（市道真央 配音）是一个个性十分内向和害羞的女孩，然而，她的心中却怀揣着成为一名戏剧演员的梦想。为了实现自己的梦想，雏子决定推自己一把，离开了熟悉的故乡，前往首都，她希望在那里能够结识到新的朋友，磨练自己与他人交往的能力。雏子住进了名为四季庄的宿舍里，让雏子没有想到的是，这里竟然是一家旧书店。在四季庄，雏子认识了很多朋友——个性开朗乐观喜欢吃书的奇怪少女夏川久依奈（富田美忧 配音）、平日里沉默寡言但一旦站在舞台之上就能够口若悬河的荻野千秋（东城日沙子 配音）、外表娇小可爱却一直十分努力的生活着的柊真雪（小仓唯 配音）。
主角阿努比斯及挚友托特每天都在用跷跷板测量人类灵魂的重量，决定他们要前往天国还是地狱。神出鬼没、无处不在的猫神芭丝特，不知道在思考些什么的梅杰德。整天埋头打工的荷鲁斯，以及不知道为什么总是想对荷鲁斯使坏却总是失败，让人又好气又好笑的赛特。
