主角樊凌霄是凌霄阁少年掌门，将一条小鲇鱼进化成了吞天噬地的灵鲲，名震天下。但在一次对决中灵鲲进化失败，竟然弑主。因为夺舍涅槃的能力，一年后樊凌霄占据他人身体再次苏醒，凌霄阁因为掌门的死亡渐渐破败了，这一次他和他的灵鲲再次带领凌霄阁走向巅峰！
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
大大的脑袋，顶着三根头发，普通人家的小孩三毛原本拥有幸福的童年，然而战争却让他沦为无依无靠的孤儿。没有父母的孩子连黄狗、乌鸦都欺负得，危难时刻他得到了善良的打鱼老伯的救助，体会到了久违而短暂的幸福。好景不长，恶霸抢走他们的劳动果实，匪兵又残忍枪杀老伯。可怜的三毛再度沦为孤儿，在坟头跪别老伯后，瘦小的男孩漫无目的行走，辗转便来到了大都会上海。他梦想能在这座富庶先进的大城市里吃饱饭，可是此刻正值军阀、投机商人、大资本家、外国人、青帮流氓、骗子横行的旧社会，等待他的将会是什么……本片根据著名漫画家张乐平同名连环画改编。
