宠兽时代，宠兽实力决定一切！战宠师们全都努力而缓慢提升着宠兽实力。直到一家神秘宠兽店横空出世！短短几天的培育，低等骷髅居然能一刀斩杀黄金巨龙？！看门土狗竟然身怀十大宠兽秘技？！看店打工妹甚至自称为神……至于老板苏平：将可爱萌宠培育成史前王兽，难道不是常规操作？
静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入纳米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成极大的麻烦，到底它们从何而来，又有什么目的呢？快呼叫超迷你战士，打败你的麻烦！
三个同名的朋友的古怪日常生活。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
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