《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
故事在这个传说中的街区拉开序幕。曾经有一个名叫MUGEN的传说中的组织支配了这片区域，正因为他们具有压倒性的势力，这一带才得以统治。然而 却有一对兄弟，不屈服于MUGEN，仅凭二人之力就与MUGEN平分秋色，他们就是雨宫兄弟。MUGEN因为某个事件突然解散了，雨宫兄弟也不知去向。随后，这个区域里冒出了五个组织。将每个组织的首字母组合起来就是SWORD ，因此这个区域也被称为SWORD区域。而这里的混混们则被称为G-SWORD。
上海首富余佛影的孙子余创世因失恋，酒后开枪把表妹雷晓冬的恋人、自己的情敌给打死了。而这一切恰巧被沈紫君看到。沈紫君的哥哥沈心池在巡捕房当差，他为了讨好余佛影，便暗示沈紫君修改口供，好为余创世开脱罪责，然而妹妹坚决不从。余创世闻之气急败坏，并与沈紫君结下了冤仇。
该剧围绕着伊斯顿·韦斯特展开，他是一位享誉国际却又性情反复无常的名厨，经历了人生的低谷后，他回到了家乡阿德莱德山。在才华横溢的年轻糕点师侄女戴安娜的帮助下，他努力重塑事业，重振声誉。
大空银行是一家大银行，区域分行长野崎修平（织田裕二）被银行提拔到监査的位置，将来有机会进入高层。而他现在的工作，就是找出银行内各种不正当行为。他所面对的是，银行行长京极雅彦（古谷一行），京极的得力助手 武田真吾（岸谷五朗），以及具有野心的菁英银行员 立川祥子（松嶋菜菜子）。面对银行内的巨大黑暗，野崎修平能否坚持他的正义？
