在2016年电影的事后，弗兰克、布伦达、巴瑞和萨米试图建立自己的食物社会。
满是高岭之花的贵族学校，学院的第一大小姐竟然毫无生活自理能力！友成伊月在阴错阳差之下，卷入日本顶尖大财团的大小姐・此花雏子的绑架事件。之后为了生活，受顾成为此花雏子的侍从。因为家庭的关系，雏子在学校必须扮演一个「完美的大小姐」。在外是才色兼备的大小姐，但真实身份却是毫无生活自理能力的懒散女孩。伊月想要守护这样的她，便努力照顾她的生活——
大盗鲁邦三世在意大利的冒险故事
东方世家的两位小姐东方淮竹和东方秦兰在外游历时，偶遇妖毒蜘蛛，在与敌方对阵时，意外地和一位戴面具的剑客相识相知相爱。但好景不长，东方家的大师兄金人凤弑师夺权并对两位东方小姐心怀歹念，淮竹设计将妹妹秦兰放走，自己与金人凤周旋，危机之时，与东方世家齐名的王权家人赶到，并以为自家少主纳妾为由将淮竹救走。实际上，王权家的少主正是与淮竹相爱的面具剑仙，但此时的他，因为与一众朋友前往了传说中的圈外，结果仅有二人幸存归来，使得他功力大跌。遭逢巨变的二人，再也回不到从前。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
