永远的“6时59分”开始了——在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……
花垣武道是个生活潦倒的打工仔，有天，他得知国中时交往的唯一一个女友橘日向，遭罪凶恶的恶党组织“东京卍会”杀害。
『被霸凌的孩子』南云始与同班同学一起被召唤至异世界。虽然同学们接连显现战斗取向的特殊能力，但始却只拥有炼成师这种平凡的能力。而且在异世界仍为最弱的他，竟被某位同学恶意推落了迷宫深渊──！？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
人族唯一九境巅峰强者——剑神顾长风，镇守天门千年，令魔族不敢越界。冲击传说中的十境神位时，他因断情绝爱、心魔缠身而渡劫失败，肉身陨落、神魂残缺，失忆流落市井。历经凡尘，他心魔破碎，记忆回归——他并非冒牌之人，而是真正的剑神本尊。这一次，他不再无情。十境威压重临，剑气横扫三万里，诸神谢罪，魔族当诛
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