三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
故事发生在日本的明治末年，石川啄木（浅沼晋太郎 配音）是拥有着极高才华的歌人，遗憾的是，才华并不能当饭吃，石川总是苦苦的挣扎在贫困线上。为了赚钱，他将自己所住的公寓改造成为了一家私人侦探所，取名为啄木鸟侦探社，专门受理社会中的疑难杂案。个性温厚老实，总是毫无怨言的协助石川办案的金田一京助（樱井孝宏 配音）、东京帝国大学的高材生野村胡堂（津田健次郎 配音）、热爱文学，对一切都充满了好奇心的青年平井太郎（小野贤章 配音）、个性害羞软弱，却总是为朋友着想的萩原朔太郎（梅原裕一郎 配音），和石川一起探索各种怪奇事件真相的，是这些可靠而又善良的朋友们。
