自有人类以来，“污秽”就不断的现身骚扰着人世间的安稳和宁静，为了对抗污秽，一群名为“阴阳师”的人们勇敢的站了出来，加入到了战斗之中，用他们的智慧和勇气守护着人类。少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）立志要成为史上最强阴阳师，却因为一场悲剧的发生而意识到灾难的不可逆转，遂放弃了理想，沦为路人。
克莱门汀，前祖拉农十二弟子之一，前漆黑圣典第九席克莱门汀。 虽然对自己的实力有着绝对的自信，但为了躲避某个魔法吟唱者，她却过着逃亡的生活。另一方面，在纳萨力克，他们在安兹的命令下开始收集武道的情报……
故事发生在皇都五区的一个僻静的小角落里，在那里，坐落着一家咖啡店，在咖啡店里工作的，是一群集结了技术精华的自律式机械人偶少女们，他们曾经以武器的身份参加了刚刚结束的战争，在战后珍贵的和平时光里，他们也想方设法的寻找着他们的人生意义。虽然有点笨拙，但做什么事情都十分认真的灰樱（和气杏未 配音）、十分擅长照顾同伴，做什么都被视为楷模的 鸦羽（楠木灯 配音）、好奇心旺盛又有些胆怯的月下（富田美忧 配音）、平易近人，对每个人都一视同仁的箒星（中岛由贵 配音），在咖啡店温暖人心的灯光中，少女们的故事拉开了序幕。
认识一下 Kazuto，他想成为一名摄影师，但梦想落空了；而 Yayoi 则成功实现了成为模特的梦想。两个儿时的朋友渐行渐远……突然发现他们住在一起了！一开始，他们之间有一种尴尬的紧张关系，而 Yayoi 有一个不能告诉 Kazuto 的秘密……然后，一天晚上，事情开始发生变化……他们可能不仅仅是儿时的朋友吗……？！
故事发生在一座民风淳朴风景秀美的小镇之中，曾经，天空上出现的巨大黑色圆盘令人们陷入了恐慌之中，但除此之外大家的生活却并未受到实质性的影响，世界依旧在照常运转着，久而久之，人们渐渐习惯了被圆盘笼罩的生活。
