该系列的舞台是以纽约为蓝本的市中心。 布莱斯特和她的父亲进入了一间小小宠物店，这是一所面向各种宠物来营业的繁华都市中的公寓。当她开始真正的冒险时，她发现她能奇迹般的理解所有的宠物。一路上，她和宠物们一起去冒险，可是宠物店确面临要倒闭的危险，由一个宠物店的Biskit来接管，驱动它的业务。别无选择，宠物求助布莱斯帮助他们以挽救宠物店。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
一个在宠物店工作的女孩，拥有与动物说话的能力。
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圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
六張卡片從天而降，這是參加『命運之戰』的資格，贏到最後的人將能實現願望。
