1947年底，东北全境解放前夕，四野某部侦察营长燕双鹰奉命组织一支小分队，潜入天津市，设法搞到守卫天津的国民党军队作战方案，绘制军事布防图以及兵力部署，为大军解放天津铺平道路。燕双鹰从侦察营挑选了六名骨干，化装成溃逃的国民党散兵，混上由营口开往天津的轮船，然而轮船被劫，燕双鹰凭借机智勇敢，救出在押士兵，击毙劫匪，夺回客轮。到达天津后，燕双鹰率领小分队一边暗中绘制城防图，一边乔装改扮开起了汽车修理厂，与当地黑帮势力几番争斗，终于赢得了黑帮头子袁文才的信任，而掌握国民党军作战方案和兵力部署的作战厅长段文宏，正是袁文才的把兄弟。就在燕双鹰凭准备盗取机密文件时，他的身份竟然暴露了，最终燕双鹰凭借智慧，摆脱困境，消灭敌人，将机密资料送给了大部队。
大唐盛世，锦绣繁华。在造船业发达的滨海小镇常乐，人类女子陆漓女扮男装混入造船厂，希望能在船厂大展身手，实现自己扬帆远航的梦想，鲛人王子吴居蓝也带着神秘任务来到船厂，两人不打不相识，产生了纯洁的爱情。随着陆漓和吴居蓝的相爱，两人背后的阴谋也逐渐浮出了水面，陆漓在亲情和爱情之间痛苦挣扎。最终，陆漓和吴居蓝用爱化解了仇恨，人类和鲛人终于和平共处，同享盛世繁华。
第三季也发生了各种各样的奇怪事件。科学犯罪对策团队能否用最先进的科学解开并解决这些“禁忌事件”？
