在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
沈安落魄之时收到了一条来自未来自己的短信，让他趁着灵气复苏之前准备好去千灵山，吸收灵气为即将到来的全民修仙时代做准备。在未来自己三番两次的成功预言后，沈安终于相信开始准备前往千灵山吸收灵气，期间偶遇了特殊部门的美女白微微。白微微一行也在寻找灵气出现的地方，奈何比沈安晚了一步，所有灵气被沈安全部吸收。白微微察觉到沈安不是普通人一直派人跟踪监视，沈安身上的秘密也逐渐浮出水面，在未来自己的指引下，沈安找到了当初陷害自己的人并且成功报了仇，又帮助特殊部门重建了地球，保护了全民修仙时代的修士。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
千年前，人类与这片大陆上称霸的恶兽对抗，勇敢的猎人得到星兽龙王的力量成功驱逐恶兽，星兽猎人从此诞生，兽族也分化为两个派别——星兽和恶兽。少年星成梦想成为出色的星兽猎人，与凯炎兽搭档击退恶兽后得到爸爸认可，进入圣猎联盟学习，并与东阳、西亚、蓝夜成为好友。此时，禁龙猎团鼓动恶兽袭击人类，星成爆发驭龙之力解决危机，凯炎兽却被负能量影响失控。为拯救凯炎兽，星成前往圣山求助圣铠龙团，却遭到禁龙猎团袭击，星成凭借赤焰双龙和凯炎兽的力量击败禁龙猎团。再度失控的凯炎兽离开大家后被禁龙猎团捕捉，星成为救凯炎兽付出驭龙之力，却解封了暗亡魔龙，让猎人世界陷入危机。最后星成唤醒星兽猎神，一举击败暗亡魔龙，恢复世界和平。
