一个发生在江小白身上的故事：一段消失的记忆，一枚随身携带的玻璃球，一封封来自十年前的邮件，一个出现在幻觉里的少女，一个现实中相遇的女孩，记忆碎片拼织在一起……关于十年前的那场意外，一个男孩和两个女孩之间命中注定的缘分，十年后的再次相遇，遗憾、愧疚背后的真相一层层揭开……
沃夫冈是个孤儿,来自月球自治城邦首都拉巴斯。父母在他出生不久,便因盖世堡之役阵亡, 抚养他的爷爷,也在距今三年前过世.沃夫冈年幼时,曾在POLA军方服役的爷爷常常讲父亲在盖世堡战役的故事给他听,并将他父亲描述为一个英雄人物。也因为这个缘故, 沃夫冈下定决心要从军报国,并以成为POLA王牌驾驶员为目标。
大赛失利后，被迫放弃职业道路的张若饴重回校园。陌生的环境里，曾经让她陷入阴影的乒乓，反而成为了劈开迷茫的一道光——球台上，她结识队友；赛场外，她收获友情。这一次，少女决定，用尽全力，挥拍击向未来。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
事情起源于二十年前。大地隆起，日本的神奈川县在分离之后就被孤立。以后在神奈川出生的少数人就懂得运用阿尔达超能力。阿尔达超能力（Alter）是一种能够将物质分解再构成的力量……数马和刘鳯是对立的，因为所属的地方不同。数马是一个为了钱而生活的人，以自己的超能力来为自己获得金钱，从而满足自己的生活。刘鳯是一个为了找寻阿尔达结晶体，为自己的妈妈报仇而加入圣堂/神圣部队（HOLY）的人。圣堂是由阿尔达超能力者组成的警察部队，为了保护没有超能力者、制止超能力犯罪而设立，所以圣堂的人会捕捉周围土生的超能力者。该日数马和刘鳯的相见就是因为圣堂的一次行动而促成…………
在帕特里亚大陆诞生的民主主义国家“帕特里亚”。在由于经济不平衡而导致分裂成“北部帕特里亚同盟”与“南部帕特里亚联合”的这个国家，持续着长年的内战。陷入了劣势的北部，为了战胜南部，终于用上了禁忌的技术。将人类改造成异形士兵的这个技术，以人类的模样为代价，以获得与神媲美的力量。这个力量结束了长期的战乱，从此进入了和平年代。“拟神兵”，这就是被誉为“神”的救国英雄。时光流逝，战争已成为历史的现在，那些变成了“拟神兵”的人，因为那股庞大的力量，被人们称为“野兽”，为人们所惧怕蔑视着。原拟神兵部队队长·汉克，化身为杀死堕落成“野兽”的“拟神兵”战友们的“猎兽者”在不断旅行着。为了寻找杀害了身为拟神兵的自己父亲的仇人的少女夏尔与汉克相遇，为了找到父亲死亡的真相，决定与他一起旅行。而后所得知的，战争不得不持续的真正理由。以及汉克正在寻找的“释放野兽的男子”这一存在。将杀害伙伴的罪名背负于自身的“汉克”，他在不断持续的旅行中所抵达的终点到底是？
