叶枫穿越成濒临倒闭的缥缈派掌门，负债累累、弟子跑光。危急时刻绑定“最强掌门系统”——他无法亲自修炼，却能共享所有弟子修为。只要弟子练成一门法术，他瞬间领悟至大圆满。叶枫靠这个作弊器装高深带队伍，将歪瓜裂枣培养成能打能扛的精锐。从击败赤蛇派到卷入妖将阴谋、斩妖大会，他在表面淡定内心慌乱的日常中逐渐成长为真正扛起宗门的掌门人。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
