那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
改编自中国知名作家郑渊洁原著《舒克和贝塔历险记》，故事衔接上一季，再续经典。讲述舒克贝塔在皮皮鲁的帮助下建立机场，成立航空公司，维护着森林里小动物们的出行安全，也让更多老鼠通过劳动换取了食物，改变着老鼠的坏名声。然而这一切被海盗鼠们盯上，他们设计圈套，抢占机场......几经周旋、奋战，舒克贝塔和机场员工齐心协力战胜了海盗。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
