故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
某一天，平静祥和的南葛市迎来了一名新的成员，他叫大空翼，是一个热爱足球的小学生。身为船长的父亲常年出海，足球就是他最好的玩伴。在此他结识石崎、大姐头等真诚的玩伴，也遇到了球场上最初的对手若林源三。随着大空翼的加入，往常在球场上名不见经传的南葛小学开始崭露头角，最终得以进入全日本少年足球大赛。在这里，大空翼遇到了无数强劲的对手，三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎。他们不仅是技战术精湛的强悍敌手，更是大空翼日后率领日本队征战全世界时最亲密的伙伴。少年们在烈日下尽情挥洒喜悦的汗水……
这是每个孩子梦寐以求的寄宿学园。坐落于独角兽岛，索菲亚和其他新生必须与一只独角兽建立深厚的羁绊，方能解锁他们的魔法力量；仅有这样，他们方可习得成为这座岛屿及其魔法的备受尊崇的守护者之道。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
