《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
庆历年间，北宋为免除战事，维护各民族间的和平与稳定，借秘阁之名培训少年暗探。经过严密的选拔和审查，聪慧的元仲辛、美貌机敏的赵简、从不杀生的小景、绝不说谎的王宽、不爱交流的薛映、性格开朗的韦衙内六位少年组成了秘阁第七斋。在经历了一次次生死相关的任务后，曾经年轻懵懂的少年们逐渐成长，他们彼此团结，用自己的热血和忠诚为保卫和平献身消除大宋面临的灾难。遍体鳞伤的少年们，终于可以踏上归家之路，他们为国而战，百死无悔，同时他们也相信，未来的岁月里，会有更多少年，为了理想而战，不懂后退，世界总是被这样的少年点亮，那是名为希望的光芒。
玉格格（米雪 饰）从小过着娇生惯养的生活，个性跋扈而又任性。一次偶然中，她结识了名为胡雪岩（刘松仁 饰）的男子，被胡雪岩的正直和英俊吸引，玉格格向胡雪岩展开了热情的攻势。然而，胡雪岩的心中早已经驻进了一位程湘莲（苏明明 饰），故对玉格格的殷勤不为所动，伤心的玉格格联手暗恋湘莲的董武祺（沈孟生 饰），企图把湘莲赶走。随着时间的推移，湘莲的善良和单纯化解了玉格格对她的成见，久而久之，两人竟然成为了好友。某日，玉格格在灵龟寺遇见了王有龄，趣味相投的两人渐渐产生了感情。玉格格被选中入宫做秀女，玉格格的父亲知道这是一条不规律，于是简易女儿逃走。
方世玉（张卫健 饰）出生在清朝末年的广东，自小就顽皮机敏，而且在母亲苗翠花的调教下，更是练得一身好武功。世玉好胜顽劣，经常在外闯祸，搞得全城满目疮痍，经常得由苗翠花帮助解围。父亲方德虽然知道苗翠花母子两虽然经常闯祸，但其实为人行侠仗义，也就责罚一下了事。
参与了戊戌变法的举人易君恕仓惶出逃，束手就擒之际，被英国牧师林若翰搭救，入住香港翰园林若翰家中。林养女倚阑是中国海员遗孤，养育成典型的英国淑女，受到香港绅士迟孟桓的追求。倚阑的傲慢与偏见使易君恕难以存身，他外出谋生遇挚友新安县举人邓伯雄，邓氏反对英夷拓界，决意死战，易、邓志同道合。邓伯雄为联合文氏大族抗英，娶文心瑜为妻。苦恋多年的海山堂主区眉娘虽五内俱焚，仍帮助邓购枪，不幸中了迟孟桓和香港警察梅轩利的圈套，被火烧毁容颜。林若翰密友－－香港辅政司骆克熟悉中国文化，与总督卜力在新租借地拓界上所施手段不同，被警察司梅轩利邀宠攻击，在迟孟桓告发下，易君恕被捕。林若翰为搭救易君恕被迫参加新租借地拓界谈判。倚阑渐渐爱上易君恕，而易却毅然奔赴新安县参与抗英，林家受牵连，因卜力总督反目，倍受侮辱。新租借地民众死战，壮怀激烈，兵败吉庆围，邓伯雄、易君恕先后慷慨就义。一轮旭日从东方升起------
