经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕……本片为《魔神英雄传》系列第二部。
憧憬成为帅气的大魔法使的赛特，为了打倒来自天空的怪物涅墨西斯，每天都在努力的进行魔法特训，但赛特的训练一直不顺利，总是引起纠纷给村子里的人添麻烦。某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子，为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地，在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。
雷欧（小野贤章 配音）是一名号称世界最强的勇者，拥有强悍实力的他抵御了魔王大军的侵略，从邪恶的魔王手中拯救了世界。可是，当和平重新降临大地之后，雷欧的强大开始让人们感受到了威胁，最终，雷欧被忘恩负义的人类赶出了圣都，踏上了流浪的旅途。心灰意冷的雷欧失去了一切，兜兜转转之中竟然来到了战败的魔王军领地，在这里，他找到了未来的方向，就这样，雷欧隐瞒了自己的真实身份，加入了魔王军。魔界最强埃凯德娜（本渡枫 配音）、头脑聪慧但抗压能力极差的修蒂娜（伊藤静 配音）、单纯坦率的兽人丽丽（大和田仁美 配音）、沉默寡言的暗杀高手米卢涅斯（内山夕实 配音），雷欧决定帮助四天王一起重整魔族军队。
