“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
动画版《世界毁灭》是由制作过《攻壳机动队》系列的ProductionI.G担当制作。动画版与游戏的基本设定都相同，比如受困于毁灭世界委员会和砂之海之间的这个世界等等。但是女主角莫尔特携带了毁灭世界的秘宝，以及克里埃和莉?嗄分属两个对立组织的成员等，这其中有一部分设定是动画版新追加的。与游戏及漫画展开不同的情节这也正是动画版的魅力所在。动画上映同时，漫画也将于7月开始连载。
故事舞台设定在昭和30年代左右的日本，正值高度经济成长期，当时马戏团作为主要娱乐形式，已经融入了人们的日常生活，许多马戏团在日本各地巡回演出，并为了能够参加只有顶级马戏团才被允许参赛的世界级盛会，彼此之间不断竞争、磨炼技艺，在这样的时代背景下，由团长麻利亚率领的向日葵马戏团一边常年为资金短缺而苦恼，一边艰难地继续着巡回演出，就在这时，马戏天才少女鹤卷瑞佳因某些原因来到马戏团，故事也由此开始展开
碧落大陆上苏将军府的四小姐，一个修炼的废柴，人人得而虐之。唯独晋王南宫流云对苏落另眼相看，带她重回神殿，测定其为木火双系炼丹师，并且因为体内的龙之戒拥有几乎绝迹的空间能力。为开启空间能力，两人前往日落山脉屠龙，阴险的情敌李瑶瑶从中作梗，以身引魔兽骗取南宫的救助，又派人追杀苏落。苏落虽然得到小神龙，成功开启空间制服追杀者，但还是中了李瑶瑶的离间计，令南宫挡箭重伤，陷入灵魂紊乱的绝命境地。
妖界覆灭后，妖族在人界流离失所。九宫家将长女九宫良子派往华修国“六十门”留学，暗中收集妖怪并送回太阳岛。王令等人在与九宫良子的相处中，渐渐发现了她和整个九宫家族的真实目的……逆天的仙王大人，这次又要偷偷地为何而战呢？
