自有人类以来，“污秽”就不断的现身骚扰着人世间的安稳和宁静，为了对抗污秽，一群名为“阴阳师”的人们勇敢的站了出来，加入到了战斗之中，用他们的智慧和勇气守护着人类。少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）立志要成为史上最强阴阳师，却因为一场悲剧的发生而意识到灾难的不可逆转，遂放弃了理想，沦为路人。
围绕桃夭、柳公子、磨牙一行在京师的游历，展示了人与人，人与妖之间的距离或许并没有想象中的那么难以逾越。无论是桃夭与丁三四的互动，还是老张带给柳公子跨越人生和厨艺的指点，亦或是磨牙面对傒囊时的左右为难，都让一行人各自获得新的成长。而同时，封无乐，陈白水等人也获得各自的救赎，或许人生旅途就是这般互相影响，五味杂陈。
深夜的京都花街，舞伎结束表演工作后会返回屋形（宿舍）。担任一处屋形的厨娘的16岁少女清在深夜也等待着她们，献上温暖的料理，同时描绘着她和这群女孩互动的温暖的日常生活。
马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。
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