费兴空与思睿突然发现自己生活在一个漫画的笼子中，两人想要逃回现实世界。但是面对“作者”的绝对控制，两人被逼无奈在不断变幻的故事世界中不断逃离······
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
