远古巨兽，现代人类，未来科技，时空混乱的荒岛；石器时代，动力时代，电气时代，飞速发展的荒岛文明。流落无人荒岛，开局一个系统，秦天从零开始求生。遇见奇异少女；驯金雕，收狼王，退巨蟒，这座荒岛，由我做主！
鲁兹对埃达失去能力感到内疚，所以她出航寻找丰厚的赏金来帮助猫头鹰屋。
江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。
