4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
