该剧集延续上一部《金光御九界之墨武侠锋》，讲述了墨乱祸世，九界濒危，墨家九算野心逐一浮现，俏如来等人如何一阻墨乱；另一边，佛门变劫再临，紫金钵之秘将揭开千年圣战，九界之一的佛界天门与地门之间再起冲突！
阳城大学一夜之间被黑雾笼罩，校园变成充满考验的生存之地。顾清寒意外觉醒特殊天赋，成为隐藏在暗处的班长。面对失控的规则、恐惧的人群和接连不断的危机，她没有选择逃避，而是用智慧守护同伴、重建秩序。青梅竹马陆清宴始终陪在她身边，用勇气和信任为她挡下危险。两人带领同学团结协作，在一次次考验中学会责任、牺牲与坚持，也让冷漠的校园重新找回温度。当黑暗试图吞噬所有希望时，他们选择并肩向前，用善意凝聚力量，用行动证明：只要彼此守望，就没有无法战胜的困境。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
第四季的部分剧集在第 3 季期间播出，以弥补该季剧集被推迟的情况。
