改编自原作山田钟人，作画阿部司的同名漫画。在打倒了魔王的勇者一行人当中，魔法使芙莉莲是一位精灵，她和另外三人有着不一样的地方。生活在“之后”的世界里，她感受到了什么；留下来的人们所编织的葬送与祈祷又意味着什么……
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
“听啊，是正义崩坏的声音。”伪装潜入龙神守望者组织的战斗员D，他是否能成功完成任务？
