《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。
皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。
