动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
《神奇宠物：城市》介绍了三位英雄：豚鼠伊兹、蛇泰特和兔子祖瑞。这些英勇的课堂宠物住在纽约市的一所幼儿园，他们驾驶神奇的“喷气车”环游世界，在音乐剧和迷你歌剧主题的冒险中拯救动物。当事情变得艰难时，伊兹、泰特和祖瑞总是记得结合他们的才能和能力，共同努力挽救局面——因为只要他们齐心协力，没有什么是他们做不到的。
