夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
在爱媛上学的中学三年生青井苇人，在那纤弱的身体中隐藏着强烈的足球天赋，但是因为那太过直球的性格，让他经历了很大的挫折。在这样的苇人面前，出现的是东京city esperion的青年队监督福田达也。
末流门派掌门君常笑，万万没想到：随便招来的高冷女弟子深藏不露，路上闭眼救的男弟子竟是第一天才，踢个球把重生后的武帝踢到怀疑人生，看着废物的小弟是个陨落的天才……这个宗门，全是妖孽啊…上苍要我末流门派逆天，挡不住啊...
