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一代高手云天，因为寿元耗尽走向衰亡。自诩正道的八大圣域得知云天大限将至，纷纷打上山门。千钧一发之时，一位与云天同名同姓的穿越者，自带系统魂穿入体，开启惩奸除恶，宣扬正道的艰难历程。云天凭借完成系统任务获得积分，利用积分兑换寿元，率领六位弟子一步步夺回本属于他们宗族的秘宝、传承，一点点揭开八域黑暗角落的隐晦过往，在他的巅峰实力、正义之魂下，一切诡计、谜团都碎裂成曙光洒落。
身患绝症的林修去绝世岛求医，学了几年修仙法术后回归都市，却发现都市中卧虎藏龙，林修开始靠着自己精湛的医术，在都市中开始了修仙之旅。
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
