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西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。
司空震在地下城发现了机关兽并私下研究，武则天发现端倪并派上官婉儿私下调查，而尧天组织也有自己的打算……几股势力交织在一起，暗潮涌动。在最终爆发的共同危机面前，众人还是为了长安的安危，力排万难，合力解决了机关怪兽，长安城恢复了安宁。
身为人类海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量，并在魔仙希雅的同意下，成了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋，她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结实了海萤堡的海达王子及其他魔仙，众人在寻求真相路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过难关，随着调查的深入，真相一点一点浮出了水面，他们找到了被称为深点的海兽巢穴，在进入深点调查后，他们发现海兽竟然跟海萤堡失踪的国王和宝贝千年之星有着密切的关系，而整个海洋也面临被黑气污染的重大危机，为了拯救魔法海洋，魔仙们努力寻找消灭黑气的办法，最后海昕成功将千年之星净化，最后成功千年之星的能量净化了整个魔法海洋，不仅如此，海昕她们还找到了黑气的源头，顺利将其铲除，使人类世界恢复了安宁。
延续经典动画和大电影的蓝精灵全新冒险故事。故事围绕来自失落村庄的蓝爸爸、蓝妹妹和蓝精灵聪明、健健以及其他蓝精灵展开，讲述了52个充满欢笑、趣事的跌宕起伏的全新冒险故事，他们齐心协力、一次又一次地对抗邪恶巫师格格巫和阿兹猫，保卫自己的村庄。
