海绵宝宝是一块穿着短裤衬衫打领带、暴牙大眼睛的黄色海绵，他生活在太平洋中央一片名为比基尼的海底之下。这里风和日丽，平静祥和，生活无忧无虑。海绵宝宝住在一个菠萝形状的房子里，与之为伴的是他的宠物小蜗（蜗牛）。开朗、纯真的海绵宝宝有许多好朋友，比如乐观单纯的派大星、性格古怪的章鱼哥、自私市侩的蟹老板还有力大无穷的松鼠珊蒂。平时他都在蟹老板的快餐店里打工，闲暇时就和好朋友们四处玩乐。这群性格各异的家伙们凑在一起，可真是闹出不少的笑话……
五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。
