故事的主人公是反恐特战队队长钟原，他在执行任务中成功击毙了猛犸组织的二号人物，却因此引来了该组织的复仇行动。在解救妻子赵欣的过程中，钟原不幸被注射了一种病毒，导致他倍受折磨。与此同时，DK生物公司的董事长江寒（何晟铭 饰）邀请赵欣（牟星 饰）及其父亲参加公司的“有益菌”研究项目。赵欣是生化专业的高材生，也是钟原的初恋情人。在钟原所在的反恐指挥中心得知T国的请求后，决定派遣专家潜入DK公司调查。赵欣在失去爱子后主动请缨“退出现役”，深入虎穴，开始调查有关DK公司的情况。随着一系列接连不断的恐怖事件发生，一个名为“新纪元计划”的阴谋逐渐浮出水面。钟原尽管身处病痛之中，仍然率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员，决定绝地出击。在他的爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的协助下，他们成功粉碎了恐怖组织的连环阴谋和生化袭击，揭露了江寒利用“有益菌”制造病毒的真实计划。
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
